Trong quá trình nội soi đại tràng, một ống dài linh hoạt (colonoscope) được đưa từ lỗ hậu môn qua toàn bộ đại tràng đến tận manh tràng. Một máy quay phim nhỏ và đèn soi ở đầu của ống, thu được hình ảnh của niêm mạc đại tràng được phóng đại trên màn hình màu có độ nét cao, cho phép các bác sĩ xem bên trong của toàn bộ đại tràng. Nội soi đại tràng có thể phát hiện các thương tổn ở đại tràng, đặc biệt là những tổn thương có khả năng phát triển thành ung thư ở giai đoạn sớm mà phương pháp X-quang hay siêu âm bụng dễ bỏ sót.

Nếu cần thiết, khối u hoặc các loại mô bất thường có thể được cắt bỏ thông qua phạm vi trong quá trình nội soi. Mẫu mô (sinh thiết [1]) có thể được thực hiện trong nội soi.[2]